Государственное бюджетное образовательное учреждение среднего профессионального образования «Байконурский медицинский техникум», учредителем которого является администрация города Байконур, был создан в 1986 году как Филиал Кзыл-Ординского медицинского училища.

В 1993 году филиал был реорганизован в Ленинское медицинское училище.

После передачи комплекса Байконур в аренду Российской Федерации в 1995 году, учредителем медицинского училища выступила Городская администрация. Тогда же Ленинское медицинское училище получило наименование Медицинское училище городской администрации города Байконур.

Постановлением Главы администрации города Байконур Медицинское училище городской администрации города Байконур было переименовано в Государственное образовательное учреждение «Байконурское медицинское училище».

Распоряжением Главы администрации города Байконур Государственное образовательное учреждение «Байконурское медицинское училище» сменило наименование на Государственное образовательное учреждение среднего профессионального образования «Байконурское медицинское училище».

И, наконец, распоряжением Главы администрации города Байконур Государственное образовательное учреждение среднего профессионального образования «Байконурское медицинское училище» переименовано в Государственное бюджетное образовательное учреждение среднего профессионального образования «Байконурский медицинский техникум».